新款 M6 及 M5 Pro Mac mini 之中，配備 256GB 儲存的入門配置，儲存速度僅及其他型號約一半。日本科技網站 AAPL Ch 的最新基準測試顯示，Apple 的 SSD 在不同配置之間存在速度差異，情況與歷來一樣；不過新版本仍較上一代 M4 型號為快。
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256GB 版僅配單顆 SSD
速度差異源於儲存在 Mac mini 內部的實體配置方式。在配備 256GB 儲存的型號上，機內只有一顆 SSD 晶片，其餘型號則有兩顆。多於一顆 SSD 模組可透過平行處理帶來速度提升，因此只使用單一模組難免較慢，而在這個情況下，據報速度僅及其他型號約一半。
上一代 M4 Mac mini 情況相同，原因亦一樣。新 Mac mini 更令人失望之處，是不再設有插槽式 SSD，意味著即使理論上亦無法像以往般升級儲存空間。
寫入速度：
讀取速度：
讀寫速度較 M4 提升
不過，新版本在讀取及寫入 256GB SSD 模組的速度均較 M4 版本快。M6 256GB 版本寫入速度為 3,000.2 MB/s，M4 版本為 2,014.5 MB/s，即提升 48.9%。讀取速度方面，M6 256GB 版本為 3,216.8 MB/s，高於 M4 版本的 2,792.5 MB/s，但改善幅度只有 15.9%。
售價明顯高於上一代
配備 256GB 儲存的 M6 Mac mini 售價由 899 美元起，在相同 RAM 配置下，512GB 版本售價為 1,099 美元。這個價格明顯高於上一代，但在其他方面，新款 Mac mini 整體均有明顯改進。
