在蘋果與 FBI 的戰爭中，你或許曾經聽過 FBI 可以利用 iCloud 備份的方式來取得聖貝納迪諾槍擊案兇手 Syed Farook 的 iPhone 資料。而 Tim Cook 在接受國外訪問時也曾說過，若是兇手的 iCloud 密碼沒有被重設，那麼該裝置在連接到可辨識的 Wi-Fi 環境時，就會自動進行備份，而蘋果也就能訪問該備份資料。但現在情況或許有所改變。
今日有國外網友就發現在 iOS 9.3 beta 中，若是用戶有進行兩步驟驗證，那麼蘋果其實已經開始為 iCloud 備份進行加密，用戶必須要輸入驗證碼才可以從被加密的 iCloud 備份中還原資料。還特別強調「該驗證碼已被加密且無法被蘋果公司閱覽」。
這也驗證了蘋果曾經傳出將為 iCloud 備份準備加密工具的傳言，而用戶什麼時候可以更新至 iOS 9.3？外界大多相信在台灣、香港時間 3 月 22 日凌晨 1 點舉行的蘋果發布會中將會釋出 iOS 9.3 系統，且現在還將新增一項「iCloud 備份加密」功能。
