隨著 iOS 9 正式版發佈，Apple 也為 iTunes 作出了相應的更新 iTunes 12.3，無論是 Windows 或是 Mac 都可以下載更新，而 iTunes 12.3 與上一個版本介面幾乎相同，很難看出分別，主要是兼容了 iOS 9 and Mac OS X El Capitan！
iTunes 12.3 主要更新：
- 提高了 VoiceOver 訪問 Apple Music 性能
- 解決了歌曲無法重新排序的問題
- 修正了部分廣播電台未在“最近播放”中顯示的問題
- 解決了已在 iOS 上將歌曲標記為喜愛，但該歌曲卻在 iTunes 中未標記為喜愛的問題
- 支持雙重身份鑑定以保護您的Apple ID 安全
- 本更新還包括整體穩定性和性能的提升
