iPhone 6s 開始預訂之後，出貨日期以 6s 為先，而今次的訂購之中，6s Plus 的出貨日期可能特別遲了，一直分析蘋果產品動向的 KGI 分析師郭明錤，在最新一份投資者報告指，iPhone 6s Plus 可能會面臨出貨的阻礙。在報告中他解釋指，蘋果的原意是希望把背光模組轉交到日本的 Radiant 公司生產，代工的比例更從 40% 大增至 80%，產量大約是 400-500 萬部，但現在大部分的 6s Plus 的出貨時間從 9 月 25 日推到 3-4 星期，換言之用於 iPhone 6s Plus 的背光模組生產可能出現了問題。
蘋果曾經在媒體透露過 iPhone 6s 的銷量可能比 iPhone 6 開售三日錄得的 1000 萬更多，但目前 iPhone 6s 在 12 個 iPhone 6s 的首發國家之中，只有香港的 AOS 和 iReserve 均告斷貨，其餘國家的 AOS 均維持 2-3 星期至 4-6 星期不等。
